Litewscy Karaimi zorganizowani zostali na zasadach nadanego im na mocy
przywileju Kazimierza Jagiellończyka z 27 marca 1441 r. tzw. prawa
magdeburskiego, zapewniającego samorząd i określającego jego
kompetencje. Prawo to z reguły bywało przyznawane ludności katolickiej,
wyjątkowo zaś - prawosławnej. Nadanie tego prawa mieszczanom karaimskim
jest jedynym znanym przypadkiem udzielenia go ludności niechrześcijańskiej.
W późniejszych czasach od wielkich książąt litewskich i królów polskich
otrzymywali liczne przywileje, jak też grunty i pola uprawne. Karaimi litewscy
byli wyłączeni spod jurysdykcji miejskiej i podporządkowani wyłącznie władzy
własnego, dożywotnio przez nich obieralnego wójta, zatwierdzanego przez
wielkiego księcia i odpowiedzialnego jedynie przed samym księciem lub przed
przez niego wyznaczonym sądem. Ani wojewoda, ani starosta trocki ani ich
przedstawiciele nie mogli wtrącać się w sprawy Karaimów. Wójt sprawował
władzę administracyjną, a wraz z trzema ławnikami, wybieranymi na okres 1
roku - władzę sądowniczą w sprawach cywilnych i mniej groźnych sprawach
karnych. Groźniejsze przestępstwa podlegały osądowi przez sąd zamkowy.
Zatargi między Karaimami a chrześcijanami rozstrzygał sąd złożony z
karaimskiego wójta i wojewody, lub jego przedstawiciela. Podstawowe
znaczenie dowodowe miała przysięga, przez Karaimów składana zgodnie z
nakazami ich religii. Sytuacja taka panowała do rozbiorów.
Po ostatnim rozbiorze Litwy i Polski w 1795r. Troki znalazły się w zaborze
rosyjskim. W XIXw stan prawny Karaimów w Rosji został skodyfikowany w
"Prawach wyznań obcych". Ustawodawstwo rosyjskie określało prawne
położenia gmin wyznaniowych, w zasadzie akceptując ich dotychczasową
organizację wewnętrzną. Duchowieństwo składało się z hachanów, hazzanów
i szamaszów. Hachan sprawował najwyższą władzę duchowną w swym okręgu,
jednak decyzje dotyczące poszczególnych dżymatów podejmował po
uzgodnieniu z hazzanami danej kienesy. Przy każdej kienesie przewidywano
dwóch hazzanów - starszego (ułłu) i młodszego oraz szamasza. Hazzanowie
spełniali funkcje duszpasterskie, natomiast szamasz zarządzał majątkiem
świątyni i nauczał dzieci. Wszystkie godności były obieralne, w zasadzie
dożywotnio, jednak po upływie 3 lat od wyboru członkowie dżymatu mogli
większością 2/3 głosów podjąć uchwałę o wystąpienie do władz o usunięcie
duchownego, jeśli uznali, że nie wykazuję się on wystarczającymi
kwalifikacjami. Hazzani pełnili również obowiązki urzędników stanu cywilnego
- udzielali ślubów i rozwodów oraz rejestrowali urodzenia i zgony.
Obok władz duchownych działał również zarząd świecki i rada starszych,
rozpatrujące sprawy gospodarcze, w Trokach m. in. rozdziały uprawnej ziemi
poszczególnym rodzinom, zależnie od ich liczebności. Ziemia taka (tzw. Pola
Królewskie) była nadana jeszcze przez w. ks. Witolda i w tym stanie prawnym
przetrwała aż do przekazania kołchozowi w 1947 r., co dotychczas - mimo
odzyskania przez Litwę niepodległości - nie zostało zmienione. Przez kilkaset
lat stanowiła ona ważne źródło utrzymania, mogła być dziedziczona, nie
mogła jednak być sprzedana.
Po pierwszej wojnie światowej stan prawny Karaimów w Polsce
uregulowała "Ustawa o stosunku Państwa do Karaimskiego Związku
Religijnego w RP" z 1936 roku. Wcześniej, do czasu wydania polskich
przepisów prawnych obowiązywały poprzednie przepisy państw zaborczych.